Frontex prognostiziert, an welchen EU-Grenzabschnitten die meisten Flüchtlinge in die EU gelangen wollen. Dann schlägt die Agentur gemeinsame europäische Abwehroperationen vor, die meist die Namen griechischer Gottheiten tragen, aktuell ist es "Hermes" auf Lampedusa. Für diese Operationen sammelt Frontex Personal und technische Ausrüstung aus den Mitgliedsstaaten ein.

Im November 2010 rückten erstmals in der Geschichte von Frontex schnelle Grenzeinsatzkräfte nach Griechenland aus, darunter auch 40 deutsche Grenzschutzbeamte. Menschenrechtsorganisationen kritisieren die Arbeit der Agentur, deren Budget sich seit der Gründung mehr als verzehnfacht hat.

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