Einem breiten Publikum wurde er vor allem durch seine Forschung zur Person Hitlers bekannt. Als bahnbrechend gilt sein 1969 erschienenes Buch "Hitlers Weltanschauung". Seine Studie "Frankreich in Hitlers Europa: die deutsche Frankreichpolitik im 2. Weltkrieg" ist auch heute noch das Standardwerk zur deutschen Frankreichpolitik im Zweiten Weltkrieg.

"Wir haben 17 Jahre für das Denkmal für die ermordeten Juden Europas gekämpft", erinnerte die Publizistin Lea Rosh an ihr Zusammenwirken mit dem Historiker Eberhard Jäckel im Deutschlandfunk Kultur. Gemeinsam hatten Jackel und Rosh 1988 die Initiative für den Bau einer zentralen deutschen Holocaust-Gedenkstätte ergriffen, die schließlich 2005 in Berlin als Denkmal für die ermordeten Juden Europas eröffnet wurde.

Der Historiker habe immer geholfen und ihr mit Rat und Tat zur Seite gestanden, als die Widerstände gegen das Holocaust-Mahnmal besonders groß waren, sagte Rosh. Sie habe damals in Berlin die "meiste Haue" abbekommen. "Es gab ja viele, die das Denkmal gar nicht wollten und die kamen mit den aberwitzigsten Argumenten." Der SPD-Politiker Willy Brandt habe dagegen zu den Erstunterzeichnern gehört. Rosh würdigte Jäckel als "große Begabung". Der Historiker habe Geschichte klar und für jeden verständlich erklären können. Jäckel und Rosh waren enge Freunde, die auch die Dokumentation "Der Tod ist ein Meister aus Deutschland" zusammen verwirklichten, für die der Forscher 1990 den Geschwister-Scholl-Preis erhielt.

Mit dem Tod Jäckels verliere die Bundesrepublik einen ihrer engagiertesten und wirkungsvollen Streiter für die Erinnerung, teilte die gleichnamige für das Denkmal zuständige Stiftung mit. Der Vorsitzende des Kuratoriums, Bundestagspräsident Norbert Lammert (CDU), sagte: "Das bürgerschaftliche Engagement Jäckels wurde von der Politik, die die Pflege der Erinnerung an den Holocaust als staatliche Aufgabe begriff, aufgenommen." Im Historikerstreit des Jahres 1986 war Jäckel ein Verfechter der Einzigartigkeit der Shoa.